1）生物有机肥完全腐熟，虫卵死亡率达到95%以上；农家肥堆放简单，虫卵死亡率低。
2）生物有机肥无臭；农家肥有恶臭。
3）生物有机肥施用方便，均匀；农家肥施用不方便，肥料施用不均匀。
4.生物有机肥相比生物菌肥的优势
1）生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2）生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3）生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有的土壤环境。